软件由于自身的特点，在海关监管中是一个重点和难点。对于进口的软件，海关必须划分征税权限，判定进口的软件属于货物还是服务，以确定最终适用的税率。
《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》第三十四条规定：进口载有专供数据处理设备用软件的介质，具有下列情形之一的，应当以介质本身的价值或者成本为基础审查确定完税价格：
（一）介质本身的价值或者成本与所载软件的价值分列。
（二）介质本身的价值或者成本与所载软件的价值虽未分列，但是纳税义务人能够提供介质本身的价值或者成本的证明文件，或者能提供所载软件价值的证明文件。含有美术、摄影、声音、图像、影视、游戏、电子出版物的介质不适用前款规定。
也就是说，海关依据软件的内容确定是否将软件价值计入完税价格，如果软件中含有美术、摄影、声音、图像、影视、游戏、电子出版物，则软件的价值应当计入完税价格。不含有上述内容的软件，在价值分列或虽未分列但可证明的情况下，无需计入完税价格。
海关对软件是服务还是货物（产品）的区分标准差异在于：海关在估价时，并不考虑软件的用途，即使是为了软件的开发、维护、测试，只要软件内容包含美术、摄影、声音、图像、影视、游戏、电子出版物，则软件在计税时均将被作为货物对待。
为了减少软件进口风险，企业应当注意以下问题：
一是在进口环节规范申报。如果所进口的软件含有美术、摄影、声音、图像、影视、游戏、电子出版物，则应当主动向海关申报软件的价值，与介质一起计入完税价格；如果所进口的软件并不含美术、摄影、声音、图像、影视、游戏、电子出版物，则应当依据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》第三十四条的规定，分列介质与软件的价值，并向海关提供客观量化的分列依据，以便依法将软件的价值排除在完税价格之外，仅就介质的价值向海关申报纳税。
二是对于软件升级服务，如可以通过在线传输的方式来完成的，企业不需要完成货物的进口申报手续。但在实际操作过程中，企业以服务贸易方式申报的话，金额较大对外付汇时必须在税务机关办理备案手续，且最终的税率并不比货物进口税率优惠。所以，基于上述考虑，企业可以选择将服务贸易的软件服务，转换为货物贸易的方式向海关申报进口。
三是应当重视对软件内容与用途的核对，避免出现合同内容、发货清单等与软件实际情况的冲突。在软件销售中，由进口商直接向最终用户发货的情况比较常见。由于软件经销商通常仅负责拓展市场，并不直接参与销售软件，容易造成进口商、经销商与最终用户的合同不一致。为此，企业除了进口环节的规范申报外，软件进口商还应当做好日常涉税资料的采集和维护，确保涉税资料的形式与交易的真实情况保持一致。
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